การทำงานของแพลตฟอร์ม ‘Thai Stop COVID 2 Plus’ จะเริ่มจากสถานประกอบการเข้าเว็บไซต์ https://stopcovid.anamai.moph.go.th/webapp/ เพื่อลงทะเบียน ศึกษาแนวปฏิบัติตามมาตรการ และประเมินตนเองผ่านระบบ โดยต้องประเมินตนเอง 2 ครั้ง คือ 1.) ประเมินตนเองตามมาตรการพื้นฐาน Thai Stop COVID Plus (TSC+) และ 2.) การประเมินตนเองตามมาตรการ COVID Free Setting (CFS)
หากผลออกมาผ่านการประเมินจะได้รับประกาศนียบัตรออนไลน์ 2 ใบ คือ ใบรับรอง Thai Stop COVID Plus และใบรับรอง COVID Free Setting เอาไว้ติดในสถานที่ให้ประชาชนเห็นอย่างชัดเจนและสามารถสแกน QR Code ตรวจสอบได้
หลังจากนั้นข้อมูลสถานประกอบการจะถูกส่งเข้าระบบของกรมอนามัย จะมีเจ้าหน้าที่ภาคีเครือข่าย ได้แก่ เครือข่ายจังหวัด ทำหน้าที่สุ่มประเมิน และองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น (อปท.) ทำหน้าที่ตรวจประเมินออกใบรับรอง ขณะเดียวกันจะมีเจ้าหน้าที่กลไกส่วนกลาง คือ หน่วยงานของรัฐและศูนย์อนามัย ทำหน้าที่สุ่มประเมินตรวจสอบ และให้ข้อมูลกลับ (Feedback) ไปยังพื้นที่
หากเจ้าหน้าที่ตรวจสอบแล้ว ผ่านการประเมินผู้ประกอบการจะได้รับสติ๊กเกอร์ COVID Free Setting ซึ่งประชาชนจะสามารถตรวจสอบมาตรการ และร้องเรียนผ่าน QR Code ได้